Việc hòa hợp giữa Công giáo với Tin lành là mục tiêu lớn nhất của Sigismund khi thành lập Khối thịnh vượng chung này. Sau khi lập Khối thịnh vượng chung, ông đã chuyển tòa án hoàng gia từ Kraków đến Warsaw, mở trường cho tu sĩ Công giáo nhưng cũng cho giám sát toàn bộ số tu sĩ Công giáo trên lãnh thổ của Khối thịnh vương chung. Việc truyền bá Công giáo đến nhân dân, kêu gọi nhân dân giữ đức tin về Chúa của nhà vua đã vô hình biến Ba Lan thành một "tiền đồn" Công giáo La Mã để chống lại Chính thống giáo Nga và Đế quốc Ottoman. Tuy nhiên, Sigismund lại đối diện với một khó khăn lớn: vợ ông, hoàng hậu Anne, đột nhiên qua đời (sau này ông kết hôn với chị gái Constance của Áo năm 1605); ở bên ngoài, nhân dân Thụy Điển lại chuẩn bị khởi nghĩa (chiến tranh chống Sigismund) do người chú là Karl đứng đầu. Nhà vua Sigismund tập hợp quân của Thụy Điển - Ba Lan đánh bại quân khởi nghĩa nhiều trận, nhưng bị thua bất ngờ ở trận Stångebro, trong đó quân đội 8.000 của ông đã bị đánh bại bởi 12.000 người do Công tước Karl chỉ huy. Năm 1599, Công tước Karl làm đảo chính lật đổ nhà vua và Karl được tuyên bố là Vua Thụy Điển vào năm 1600. Mặc dù chiến tranh Thụy Điển - Ba Lan đã kết thúc, nhưng Sigismund đã không bao giờ tái lập lại liên minh Ba Lan - Thụy Điển một lần nào nữa[6].